Dr. Sanjay Cherian menamatkan pengajiannya di Kolej Perubatan Kasturba, Mangalore, India. Beliau kemudian menjalankan penyelidikan dan latihan pembedahan di Hospital St. Vincent, (University of New South Wales), Sydney, Australia. Sekembalinya ke India, dia menjalani latihan pembedahan yang lebih tinggi.

Beliau adalah doktor termuda yang telah menamatkan PhD dalam Pembedahan Jantung dari Universiti Perubatan Negeri Tamil Nadu, India.